问题①：从IND到EOP2到NDA，CMC研究分别需要达到的程度

药物开发不同阶段的要求，各阶段CMC研究程度如下：

1. IND阶段
   参考《新药 I 期临床试验申请技术指南》要求，需要提供至少1批代表性批次（如临床样品制备地点制备的样品、安全性研究批次）以及支持性研究批次（如开发批次）的稳定性研究数据，同时提供后续的稳定性试验研究方案；对于不稳定产品应尽可能提供多批次样品的稳定性研究数据，整体研究需能够支持药品质量在计划的临床试验研究期间符合要求，明确临床样品拟定的贮藏条件即可。国内申报实践通常为：支持性批次6个月稳定性数据 + 临床批次1个月稳定性数据即可满足默认许可要求。
2. EOP2（临床II期结束会议）前
   阶段属于临床概念验证、工艺逐步优化的阶段，此时工艺开发已进入工艺表征相关阶段：需通过DoE研究确定关键工艺参数（CPP）的可接受范围，完成因子筛选、优化研究，明确物料属性、工艺参数与产品质量输出的关系，建立初步的设计空间；同时制剂开发需完成处方优化，明确辅料组成、浓度的合理范围，可结合DoE构建制剂粘度、稳定性等相关模型，表征制剂空间。
3. NDA阶段
   需完成完整的工艺验证（包括工艺设计、工艺确认、持续工艺验证阶段）：

• 完成商业化工艺的PPQ（工艺性能确认）生产，提供至少3批商业化规模样品的稳定性数据（申请时提供3~6个月稳定性研究资料，长期稳定性纳入年报持续报告）；
• 明确关键工艺参数、关键物料属性的最终范围，设计空间需正式纳入申报资料，证明在设计空间内操作可确保产品质量，超出设计空间的操作需按变更管理；
• 分析方法需完成全生命周期验证，具备足够的特异性、准确度、精密度等属性，支持商业化生产的质量控制。

问题②：EOP2前是不是最好把DOE完成了？

是的，建议EOP2前完成核心DoE研究，原因如下：

1. EOP2阶段需要明确后续III期临床及商业化生产的工艺条件，而DoE是建立工艺知识、确定关键工艺参数的核心工具：通过DoE的因子筛选研究可从大量潜在因子中识别关键少数因子，通过优化研究确定因子的最佳操作范围，通过工艺表征研究明确参数与产品质量的量化关系，这些结果是EOP2阶段确认临床III期生产用商业化工艺的核心依据。
2. 参考生物制药工艺开发流程，从研究阶段到毒理批次、临床批次生产的递进中，DOE研究需逐步推进：
   • 早期研究（mg-g规模）可通过OFAT或初步DoE完成试剂筛选、参数范围摸索；
   • 毒理批次（Tox Process Lock，25~100g规模）前需完成关键工艺参数的DoE优化，确认工艺条件；
   • III期临床批次（100~500g规模）生产前需完成全部DoE研究，明确工艺的正常操作范围和设计空间，因此EOP2（介于II期和III期之间）前完成DoE研究是符合开发序贯逻辑的，可避免III期临床样品生产后因工艺参数调整带来的变更风险，也减少后续申报的补充研究成本。

问题③：6/9月长毒样品是不是最好取DOE之后生产的样品呢？还是DOE前有代表性的就行？

优先选择DOE之后生产的样品，仅在无法获得DOE后样品时可选择DOE前有代表性的历史数据，依据如下：

1. 长期毒性试验的用药剂量需要基于毒代动力学暴露量设计，而DOE完成后才能明确工艺参数的最佳范围、确定关键工艺参数对产品质量（如杂质、活性、暴露量相关属性）的影响，DOE后生产的样品更能代表后续临床和商业化生产的稳定产品质量，其安全性、质量属性的一致性更有保障，可避免因DOE前工艺参数未优化导致的样品质量波动影响毒理试验结果的可靠性。
2. 若因特殊原因无法获得DOE后样品，可参考变更研究的监管要求：采用DOE前的历史数据与DOE后产品进行对比研究，但要求历史数据完整准确，且与DOE后产品具有可比性；若无相关历史数据或数据不符合要求，优先采用参比制剂或原研品进行对比，若仍无法开展对比，则需参考新产品要求进行研究申报。
3. 对于6/9月长毒样品，其质量需能够代表后续临床样品的质量属性，DOE后生产的样品经过参数优化和验证，更能满足“代表性批次”的要求，可降低后续临床期间因样品质量差异带来的安全性风险。

以自己的认知简单回答

①研究到什么程度，是看具体项目的情况，项目目标，监管要求以及自我能力等决定的。通常注册申报资料要求的内容，都要试图回答，有理有据。以及为了后期的研究或者阶段做好铺垫的。对于监管方来说自然是越扎实越好了。而对于药企或者研发机构来说，通常是能够审批通过的最小代价。双方是一个博弈平衡的结果。

②DOE的设计与实施，通常是在IND阶段有一个初步的结果以支持后续IND以及EOP2。道理来讲是一个持续完善的过程，并没有说得有一个清晰的交割。

③这个疑问和②是矛盾的提问。长毒批次或者临床批次以及其他批次，通常是要求一贯的并具有代表性的批次，以支持该项目的持续以及发展。如果IND申报前一个处方工艺，后面又是完全另外一个处方工艺，那还是同一个项目吗？以能支持该研发项目的研发目标否？